Замечательный у Вас мальчик! Непросто вам пришлось с ним, но вы молодцы.Думаю, все его поведение от того, что первые месяцы жизни он провел неизвестно в каких условиях, отсюда и боязнь мужчин и недоверие к людям и активность ночью(когда все спят)
Насчет кровати, надо четко дать понять,что писать нельзя, ругать, а вот как только в лоточек-сразу похвала, вкусняшка.
А в остальном надо проявить терпение, муж пусть сам попробует наладить отношения, когда вас нет, уйдите в другую комнату и закройте дверь, а он пусть поиграет с малышом, угостит вкусненьким, я бы посоветовала играть с малышом сидя или лежа на полу или на кровати, тогда ему не так страшно, человек становится ниже,на все надо время.Если он окончательно поймет, что никакой опасности здесь нет, то оттает совсем и все будет хорошо.
Так, шаг за шагом, все наладится. А одежду многие не любят, но это тоже дело привычки.
Прогулки со временем полюбит, сейчас погода плохая, попробуйте постепенно приучать, зимой одеть и на чистый снежок по чуть чуть, ну а весной, когда травка вылезет, сам полюбит, еще будете насильно тащить с прогулки.
По поводу кастрации-не советую-решайте проблемы по мере появления.
У меня 3 кобеля и все некастрированные и ничего(ттт)
7 лет,3.5 года и 2.5 года.
По поводу меток-это вряд ли, ведь у Вас всего одна собака.