Так непонятно, аллергия или нет...Вроде уши, глаза трет, но не особо часто. На руки берешь, переворачивается на спину и начинает покусывать лапки, может, играет? 3-месячного щенка наверное не надо пока на другой корм переводить?
Для того, чтобы узнать есть у щенка аллергия или нет, необходимо сдать анализы в вет клинике или хотя бы показать грамотному специалисту.